中國鐵路經濟規(guī)劃研究院有限公司于2013年4月1日系由鐵道部經濟規(guī)劃研究院（鐵道部工程設計鑒定中心）事業(yè)法人整體轉為企業(yè)法人，2015年2月2日完成工商注冊登記，2018年3月19日變更為“中國鐵路經濟規(guī)劃研究院有限公司”。

鐵道部經濟規(guī)劃研究院（鐵道部工程設計鑒定中心）合并重組于2002年1月，是在原鐵道部工程設計鑒定中心、原鐵道部經濟規(guī)劃研究院、原鐵路工程技術標準所和原鐵路工程定額所（2004年8月并入）四個單位基礎上組建而來。2008年，為加快鐵路客站建設，設立內設機構鐵路客站管理部；2010年，原鐵道部設立鐵路客站建設總指揮部，掛靠經規(guī)院，2012年，為適應鐵路改革需要，該機構整體劃入原鐵道部工管中心。其中：
1. 原鐵道部工程設計鑒定中心。

前身是1953年鐵道部為統(tǒng)一設計技術標準增設的技術鑒定委員會，1955年12月更名為鐵道部設計預算鑒定委員會，是鐵道部機關的組成部分。經歷十年文化大革命以后，1978年6月，鐵道部重新成立設計預算鑒定委員會，主要負責審查新建鐵路干線、復線、支線、樞紐、電氣化鐵路、獨立特大橋、大型客站站房及基建投資在一千五百萬元以上的舊線、樞紐技術改造的初步設計（包括概算）。1989年7月，鐵道部建設司成立，設計鑒定委員會被撤銷，其工作納入建設司設計鑒定處。1994年6月，為適應鐵路發(fā)展，進一步加強鐵路工程設計鑒定工作，鐵道部決定成立鐵道部工程設計鑒定中心，作為部直屬事業(yè)單位，受部委托承擔部管鐵路大中型建設項目的設計及概算的審查鑒定工作。2002年1月1日，并入重組后的鐵道部經濟規(guī)劃研究院。
2. 原鐵道部經濟規(guī)劃研究院。

前身是1974年成立的交通部規(guī)劃院，1978年鐵道部與交通部分立時成立了鐵道部規(guī)劃院，開展鐵路規(guī)劃專項研究工作。1991年2月，鐵道部規(guī)劃院與鐵道部科學研究院運輸與經濟研究所的管理經濟和經濟體制改革兩個研究室合并，成立了原鐵道部經濟規(guī)劃研究院，基本職責是：為鐵路發(fā)展戰(zhàn)略、方針和目標提供科學依據(jù)；為制訂鐵路宏觀經濟管理的方針、政策與基本體制、制度提出建議；為編制鐵路中長期規(guī)劃與進行重大項目建設提出建議方案；在鐵路軟科學和對外交流方面發(fā)揮重要作用。2002年1月1日，并入重組后的鐵道部經濟規(guī)劃研究院。
3. 原鐵路工程技術標準所。

前身是1983年成立的鐵道部專業(yè)設計院規(guī)范處，主要負責鐵路工程建設標準，工務工程、電力照明、修車設備產品標準，標準設計，基建科研四方面管理工作，業(yè)務受原鐵道部基建總局領導。1990年1月1日，鐵道部專業(yè)設計院規(guī)范處更名為鐵道部建設司標準科情所，行政工作由鐵道部專業(yè)設計院代管，業(yè)務工作受鐵道部建設司直接領導。除負責工程建設標準、三個專業(yè)產品標準、標準設計、基建科研四方面管理工作之外，還承擔鐵道部下屬10余個基建情報網的管理工作。1998年1月1日，建設司標準科情所更名為鐵路工程技術標準所，行政工作仍由鐵道部專業(yè)設計院管理，業(yè)務工作受鐵道部建設司指導，主要負責工程建設標準、三個專業(yè)產品標準、標準設計三方面管理工作。2002年1月1日，并入重組后的鐵道部經濟規(guī)劃研究院。
4. 原鐵路工程定額所。

其前身是1984年6月成立的鐵道部基建總局概算預算定額管理所，由鐵三院代管。1989年9月更名為鐵道部建設司工程定額所，行政工作由鐵三院代管，業(yè)務工作受鐵道部建設司指導。1998年12月改名為鐵路工程定額所，業(yè)務工作受建設司領導，機構設置和人員編制由所在單位確定。2003年10月改由鐵道部經濟規(guī)劃研究院代管，業(yè)務工作由鐵道部建設司指導。2004年8月并入重組后的鐵道部經濟規(guī)劃研究院，2006年變更為獨立事業(yè)單位法人機構。